[Rockin]

Puedes ir recorriendo cada registro y ver la longitud que tiene, si es menor que 6 le añades y si no pues pasas al siguiente, algo así.

1º) Selecciona todos los registros
2º) los recorres así

for i:= 1 to num_registros do
begin
     referencia:= TableName.FieldBYname('referencia').AsString //vemos la referencia 


      while Lentgh (referencia < 6) do //mientras sea menor de 6 añadimos un 0
      begin
          referencia:= '0' + referencia
      end;

TableName.nex;
end;

No se que componentes usas de conexión ni nada, pero sería algo así, también pordrías hacerlo con un procedimiento almacenado.

Espero que te sirva de ayuda