Pues cuando te ocurra eso lo que debes hacer es mirar el administrador de tareas de windows para ver qué está haciendo y mirar los procesos del servidor linux para ver qué está haciendo. Si en alguno de ellos hay un proceso que esté consumiendo casi todos los recursos... ese será el culpable
Para volvera firebird 1.5 no es tan fácil porque cambia bastante en la estructura interna, pero puedes usar herramientas como ibpump o ibdatapump, con ellas puedes pasar todos los datos a la otra base de datos.