La verdad es que con esas premisas que comentas no hay muchas alternativas. Habría que pensar si el diseño actual es el más correcto para hacer lo que necesitas.
Si las claves las genera el servidor y vas a trabajar desconectado está claro que las claves que generes en la sucursal no pueden ser definitivas.
(1) En un primer paso deberás generar datos de la sucursal al central y este deberá incorporarlo generando clave nuevas.
(2) En un segundo paso deberás retornar los datos del servidor a la sucursal con las claves generadas y reconstruir los datos de la sucursal.
Lo queos deberíais plantear es si el actual diseño es el correcto para esto o vale la pena otras alternativas.
Debes tener en cuenta, que por definición, los procesos como el que comentas (generar datos en un lugar A, generar en un lugar B y luego consolidarlos) son focos de problemas y no son nada fáciles. Puede parecerlo si todo va bien a la primera, pero debes tener en cuenta los múltiples problemas que puede haber.
Conflictos con datos, errores en la sincronizaciones, datos duplicados,...