Hola César.
Lo de la ruta de los archivos al abrir por primera vez la copia se debe a que así quedó registrado el "escritorio". Si antes de abrirlo eliminas el archivo Proyecto.dsk, Delphi lo abrirá de forma predeterminada y no bajo la última "organización visual" que tuvo el original.
El resto de lo que comentas es extraño y quizá tenga que ver con el esquema de subdirectorios del proyecto. Además de los archivos de esa carpeta, ¿el proyecto lleva incluidos archivos de otras? Esto lo puedes ver en el Project Manager (menú View).
Algo a tener en cuenta es que las unidades de otras carpetas agregadas a un proyecto se integran en el archivo .dpr indicando rutas relativas:
Código Delphi
[-]
program Proyecto;
uses
Forms,
UfmCustom in '..\..\Plantillas\Delphi7\UfmCustom.pas' ,
Y bueno, tampoco está demás intentar una recompilación total (
Project-Build).
Saludos.
Al González.
