No lo he probado aunque no dudo que funcione. Peeeeero...
Leyendo más el manual vemos una tabla que muestra a qué nivel pueden cambiarse las opciones siendo los niveles:
PHP_INI_USER - Entry can be set in user scripts
PHP_INI_PERDIR - Entry can be set in php.ini, .htaccess or httpd.conf
PHP_INI_SYSTEM - Entry can be set in php.ini or httpd.conf
PHP_INI_ALL - Entry can be set anywhere
y las opciones upload_max_filesize y post_max_size están marcadas como PHP_INI_SYSTEM así que seguimos teniendo un problema. Claro que quizá no estoy entendiendo la documentación pero aún cuando pudiera hacerse en .htaccess aún se requiere que en httpd.conf se nos de derecho de sobreescribir directivas por directorio, lo cual no será el caso muchas veces.
Si alguien me contradice que lo haga en este hilo
// Saludos