Ya he hecho una prueba funcional.
Tal como te comenté, debes tener habilitado el módulo mod_isapi en httpd.conf
Código:
LoadModule isapi_module modules/mod_isapi.so
Asímismo agregas
Código:
AddHandler isapi-handler .dll
Y, finalmente, agregas algo así:
Código:
<Directory C:\ruta\a\isapi>
Options ExecCGI
</Directory>
donde C:\ruta\a\isapi sería un directorio dentro de la raíza web en la que pones tus dll isapi.
Reinicias Apache y listo.
// Saludos