Estoy de acuerdo con rastafarey.
Como suele ocurrir en la inmensa mayoría de ocasiones que se dan estos síntomas (lentitud gradual de la base de datos), la razón más probable es una pobre implementación de las transacciones que no las cierra adecuadamente.
Lee este hilo para comprobar las transacciones que aún tienes abiertas y su antiguedad.
http://www.clubdelphi.com/foros/showthread.php?t=55887
NOTA: En el hilo también se muestra una sentencia para finalizar todas las transacciones, cuyo efecto sería parecido a reiniciar el Servidor.
Si como todo apunta, te encuentras que tienes muchas transacciones abiertas, y algunas muy antiguas, tendrás que corregir el programa para arreglar el problema.
Las transacciones se tienen que finalizar lo antes posible.
Con Timeout a 0 las transacciones no se cierran hasta que tú no se lo digas. Pon el Timeout a 1 si quieres que se cierren enseguida (es como lo tengo yo).
Saludos.