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Tienes 2 tareas a realizar:
(1) Detectar el nuevo programa.
(2) Cerrar la ventana actual y abrir la nueva.
Para la (1) puedes utilizar el código que has colocado. Si buscas en los foros por FindWindows encontrarás bastantes ejemplos, tanto para buscar por título como por classname.
Para el (2) una vez detectado la nueva aplicación basta con que ocultes o cierres el form1 (Close/Hide) y abras el nuevo (Show).
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