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Es que ustedes, creo, están pensando sólo en Firebird o no sé. En MySQL los respaldos son siempre por script, a menos que se tenga uso exclusivo de la base y no haya problemas de concurrencia. Pero, es cierto, no sé cómo sea con bases tan grandes.
De todas formas, MySQL permite consultas entre bases, así que aún aplicaría la técnica de Casimiro dejando que el motor se encargue de la sincronización.
// Saludos
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