Sería demasiado presuntuoso decir que las bases Firebird no se reparan, pero es 99% una realidad.
Hacer un Backup y luego un Restore de la base es la mejor forma de "limpiar" una base de datos Firebird.
- Copia de la base original
- Backup
- Restore
- Si todo salió bien borra la copia
De todos modos hay una opción para recalcular los índices, la cual no es necesaria excepto en casos muy, muy, muy puntuales.
Normalmente la instalación pone un intervalo de limpieza (sweep interval) de 20.000 transacciones. Esto suele ser suficiente y lo dejas así.
En casos, como por ejemplo, la carga de muuuucha información, puedes quitar este intervalo (sweep interval=0) hacer la carga y luego volver a ponerlo.
Si de todos modos quieres ejecutar un sweep, hay una aplicación que está en el directorio firebird/bin que se llama gfix.
Pero después de todo lo dicho, la mejor forma de que la base vaya bien es haber pensado mucho en su estructura antes de crearla.