Hola.
¿El número de factura lo asignas al grabar el siguiente en la tabla de contadores o haces algún proceso intermedio? porque si lees el número a asignar sin bloquear el registro es posible que desde dos puntos a la vez lean el mismo número y por eso tengas ese problema.
(Miedo me da darte consejos, si suelto alguna tontería me disculpas)
Saludos