Basta con escribir una cabecera delante de cada archivo. Luego se escriben todos uno detrás de otro precedidos de su cabecera.
Su cabecera puede ser una estructura que contenga el tamaño de la misma, nombre del archivo y su longitud.
Con esta estructura se pueden extraer los archivos uno detrás de otro sin importar el orden, tamaño, tipo ni número de los mismos.
Saludos.