Hola, desconozco si para esa BD existe algún programa de replicación que haga lo que quieres. Pero la opción de usar un FTP intermedio es bastante cómoda. Es un sistema muy usado que es rápido, cómodo y bastante versátil.
Básicamente envías los datos comprimidos y cifrados al ftp, automática o manualmente por parte del usuario, eso ya depende de lo que necesites.
En el "otro extremo" el programa comprueba si hay algo nuevo para actualizar, si existe entonces lo descarga, descomprime e instala.
Es un tema que se ha tratado en diversas ocasiones, puedes hacer una búsqueda por "replicación".
Ahora mismo me he acordado de esta vez que se hablo sobre algo similar, a ver si te sirve.
Aquí está.