Hola anzora, para hacer lo que deseas hay dos pasos a seguir:
1. Incluir en la instalación el archivo que deseas ejecutar:
Código:
[Files]
Source: archivo.exe; DestDir: {tmp}; Flags: deleteafterinstall
2. Y posteriormente en la sección [Run] lo siguiente:
Código:
[Run]
Filename: {tmp}\archivo.exe; Parameters: "/ALGUNPARAMETRO"
Y eso es todo, saludos.