No, no me vuelves loco
Yo "limpiaría" todo lo que has escrito en el registro de windows y empezaría desde el principio.
- iniciar el programa y cerrarlo.
- iniciar el programa, marcar la casilla "iniciar minimizado" y cerrarlo.
- iniciar el programa (se debe iniciar minimizado) y cerrarlo.
Si lo anterior ha sido correcto, entonces:
- Crear un acceso directo y ponerlo en el menú "Inicio", "Programas", "Inicio"
Ahora reinicias el equipo y debería de iniciarse el programa minimizado.