Debes tener en cuenta que los dialectos de mySQL e Interbase/Firebird tienen algunas diferencias.
Podes analizar, y si es un error o grupo pequeño de errores que se repite siempre de la misma forma, incluso repararlo con un editor de texto cualquiera reemplazando los textos.
Si es algo mas complicado, quizas te valdria mas usar una herramienta para trasladar los datos "al vuelo" y no mediante un script. Algo como IBDataPump, del que podes hallar información aqui mismo en los foros.
Hasta luego.
