Hola Julián,
La solución actualmente existe es la siguiente:
1º Abre los archivos con alguno de los editores que mencionas.
2º Guárdalos como UTF-8, pero, no uses la opción "without BOM".
3º Ya puedes trabajar con dichos archivos con Small Editor.
Estoy pensando en tratar de detectar el "BOM" (pues ahí creo que radica el problema) y, en caso de existir, tratar el archivo como UTF-8. Creo que esto también solucionaría el problema. En todo caso la solución que te propongo arriba (hasta que esto que digo esté disponible) debería funcionarte. Cuéntame qué tal si ves que tal.
¡Muchas gracias!