te recomiendo MySQL CookBook, ahi viene una receta para obtener eso, por cierto muy bien explicada y con ejemplo sencillo como el que quieres.
Si quieres un poco de teoria, tienes que hacer un "left join" de la tabla1 con la tabla2 suponiendo que tienen un campo que las relacione.
Digamos que
supongamos que tenemos tabla1 y tabla2 con un campo comun llamado folio, que es el que las relaciona.
hacemos:
Código SQL
[-]
select tabla1.folio, tabla2.folio
from tabla1
left join tabla2 on (tabla2.folio=tabla1.folio)
Todos los folios que no esten en tabla2 pero sí en tabla1 aparecen como Null
Filtrando el query:
Código SQL
[-]
select tabla1.folio, tabla2.folio
from tabla1
left join tabla2 on (tabla2.folio=tabla1.folio)
where tabla2.folio is null
Obtenemos solo los folios que existen en tabla1 pero no en tabla2, si quieres saber los que si existen en tabla2, basta con cambiar el "is null" por "is not null".