Ese campo "flag" puede ser algo más descriptivo, por ejemplo: "visible", 1 es visible y cero es no visible, por ejemplo.
Si quieres mostrar sólo los visibles:
Código SQL
[-]select * from clientes where visible=1
que quieres mostrar los no visibles:
Código SQL
[-]select * from clientes where visible=0
que quieres mostrar todos
Que un usuario "borra" un cliente, no lo borras, sino que le cambias el valor visible a cero, y en el select de visibles ya no aparecerá.