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Veamos, vayamos por parte...
Dices que aparentemente crea la base de datos y luego no existe, pero ¿intentas conectar a ella desde el ibexpert y se conecta?. Porque si se conecta entonces es que sí existe, está claro.
Si no conecta entonces es que no ha creado nada, supongo que debe aparecer algún mensaje que diga el resultado, seguro que sí.
En cuanto a lo de Samba y demás, yo instalo firebird en el servidor linux, y nada más. Nada de samba, ni compartir nada, simplemente, firebird y el puerto 3050 abierto, se acabó. Sin conexión a internet, sin ningún otro programa, nada. El servidor está aislado, nadie puede conectar desde fuera, sólo puede hacer peticiones a firebird. Un usuario para mantenimiento y se acabó.
Aunque en algunos casos dejo SSH porque el servidor está en un rack sin teclado, pantalla ni nada.
Tras instalar firebird, para crear una base de datos, lo hago desde un script, ejecutado en el propio servidor. Y con eso se acabó todo lo que hay que tocar en el servidor.
El ibexpert gratuito está completo, salvo opciones de estadísticas y cosas así, por lo que no es problema de ibexpert.
Yo uso flamerobin, es mucho más simple, pero me resulta suficiente.
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