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A ver, es que no entiendo el "contexto".
Tienes un programa windows que se conecta a una base de datos interbase. Quieres que ambos corran en linux.
Tienes que pensar como si fuesen "sistemas separados", en wine instalas tu programa y el cliente interbase (supongo que copiarás gds32.dll en el directorio de tu programa).
Luego para conectar debes hacer lo normal: le das la ruta completa al la base de datos que ¿está en el linux o en el windows?
Si está en el linux, entonces: La_IP_del_equipo_linux:/dondesea/labasedatos.gdb
Si está en windows, entonces, deberás de instalar el server, no el cliente, instalas interbase con wine. Y para acceder sería lo normal en windows: c:\dondesea\labasedatos.gdb
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