[Che!!]

Ya he conseguido solucionar este pequeño problemilla. Para quien le interese lo he hecho mediante GetWindow(Hwnd, GW_HWNDNEXT) y IsWindowVisible(Hwnd) y un pequeño truquillo consistente en ignorar la primera ventana que te aparece(la barra de tareas de WINDOWS). Con esto conseguiras el Handle de la ultima ventana en la que te has posicionado.
Bye!!