Seguramente lo más rápido es borrar la "nacional" y luego hacer inserts de las "autonómicas". Te ahorras buscar en cada uno y actualizar en los que ya existen.
Puedes hacer un select de todas las tablas "autonómicas" con inner join y luego un insert, por ejemplo, algo parecido a esto:
Código SQL
[-]delete from tbNacionales;
for select *
from tbAndalucia ...
inner join tbExtremadura ...
inner join tbGalicia ...
...
into dato1, dato2, dato3, dato4, dato5, ...
do
begin
insert into tbNacionales values (:dato1,:dato2,:dato3,...)
end