Gracias al amigo Casimiro Notevi, y revolviendo en la documentación del componente he logrado comprimir con contraseña, agregando la misma al momento de agregar el archivo a comprimir el zip, quedando:
Código Delphi
[-]
Zip.FSpecArgs.Add( 'C:\prueba.txt < PASSWORD' );
En donde el símbolo < indica que PASSWORD es la nueva contraseña del archivo a agregar al Zip.
Gracias, y espero que le sirva a algun otro.
Saludos!!!!