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Bueno, entonces arranca montando git o mercurial (personalmente, me gusta mas mercurial por ser mas simple de operar, aunque git es mas popular).
Sin embargo, lo que pides no veo como automatizarlo mucho. Un CVS te puede ayudar como "base de datos versionada" del código, y facilitar el comparar las versiones de los archivos. Pero a menos que un codigo pueda usarse transparentemente entre proyectos, si hay que adaptarlo mucho no veo como hacerlo sin que igual toque darle una mirada manual.
Tal vez con un esquema de plugins, pero es lo mismo. Si el código no se presta para usarlo sin requerir adaptaciones grandes es el mismo lio a que lo distribuyas entre carpetas/repositorios.
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