La forma mas simple es crear desde 0 la BD de sqlite desde los datos de MySql. Osea, se cargan todos los registros, tal cual. Es un proceso rapido para una carga de datos mediana (eso es lo que hago ahora con
http://www.elmalabarista.com/bestseller).
Si tienes que sincronizar en tiempo real los cambios, es un cuento muy diferente. Es algo particularmente dificil de hacer (a menos que todos los cambios sean adiciones de registros, sin relaciones).
Si cuentas mas detalles...