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Con isql puedes estraer el metadata, luego eres tú quien tiene que crear el programa que compare ambos y decidir qué hacer en cada caso.
Si lo que quieres es mantener un control con los clientes para que se actualicen automáticamente, puede que la solución sea otra, por ejemplo, guardar un número de versión en la BD y tener un script con todas las actualizaciones que se van haciendo. Este script se ejecutaría desde la posición que corresponda a cada cliente.
He dicho script, pero también pueden ser registros en una tabla de una base de datos "actualizaciones"
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