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Si te fijas, en tu codigo que me mandaste lo que haces es barajar las filas pero no el contenido.
Segun he averiguado, usando la memoria dinámica no se consigue que quede la memoria consecutivamente como ocurriría cuando creo el array de forma estática. Ya lo pude ver en un depurador y me lo han confirmado. De ahí viene el problema con random_shuffle asi que la unica solucion que veo es crear un array unidimensional del tamaño filas*columnas y pasar el contenido a este, luego barajar, y por último volcar el resultado al array multidimensional.
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