Yo tengo integrado el sistema de SMS a través de
http://www.movilsms.es/ . Es realmente bastante sencillo y va bien.
El coste del SMS depende lo que negocies. Hay varios sistemas, por consumo, por paquetes (prepago), etc.
Estoy bastante esperanzado en que Whatsapp a través de la plataforma web, acabe abriendo APIs para su uso.