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Cuando existe un número indeterminado de bases de datos (cada una de una empresa o año, por ejemplo), lo más común es tener una pequeña base de datos con una simple tabla donde se guarda el nombre de las distintas empresas, la ruta al fichero, etc.
Te conectarías a esta empresa. El usuario selecciona la empresa a la que quiere conectar. Desconecta de esta BD y conectas a la que haya seleccionado el usuario.
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