Creo que todo lo que cuentas se aprende a usar con la experiencia, porque como bien dices, al principio se usa la facilidad del IDE/RAD, aunque te das cuenta de los problemas pasado un tiempo cuando tienes que cambiar algo. Es entonces cuando empiezas a "refactorizar", a dejarlo más "profesional". Yo lo llamo "dejarlo bonito".
Pero eso toma tiempo, y si tienes a alguien esperando para entregarlo, es imposible "perder" tanto tiempo y al final lo dejas que funcione, aunque no cumpla correctamente la POO.
Con el tiempo empiezas un segundo gran proyecto, intentas "hacerlo bien" desde el principio y, realmente, está mucho mejor, has pensado todos los detalles, todos los métodos que necesitarás implementar para tener un sistema "decente", pero has tardado más tiempo y a veces tienes que dejar cosas para más adelante, para cuando tengas tiempo.
Si tienes la oportunidad de empezar un nuevo gran tercer proyecto, te dices: "esta vez va a ser un sistema perfecto desde el principio hasta el fin". Y lo consigues, pero las quejas por el tiempo empleado van en aumento, se retrasa la entrega del proyecto, empiezan las malas caras y finalmente tienes que claudicar y dar los últimos módulos en plan "que funcione y listo".
Con el tiempo, la experiencia, decides sobre la marcha en qué vale la pena "perder" el tiempo y en qué no.
Con los años vas viviendo cada etapa y finalmente después de muchos años decides hacer "tu" programa perfecto cumpliendo todas las normas de la POO, GUI, etc. pero ya quizás te apetezca no meterte en lios y te conformas con que simplemente siga funcionando bien todo lo que has hecho y que no te cree problemas
En definitiva, pienso que la mayoría de nosotros queremos "hacer las cosas bien, tanto lo que ve el usuario como lo que hay por debajo", pero la realidad de nuestra sociedad nos obliga a hacer cosas que los usuarios "lo vean y funcione bien aunque por debajo tenga algún parche", total, ellos no lo van a ver, ni les importa nada, solamente quieren las cosas lo más antes, y barato, posible. Les da igual si cumple perfectamente la POO, total, ni saben ni les interesa saber lo que es
Es que somos unos frikis.