Snaked al hacer la instalación con el installshield fue cuando saltó la liebre de que algo le pasaba al programa...
Solucionado! pese a que modifiqué la función de lectura de configuración a la carpeta que decía dec, seguía teniendo ficheros de idioma en la carpeta de instalación donde el programa no escribe nada nunca.
El problema es que utilizaba la función "sqlite3_open" en la función de consultas a la base de datos. Dicha función abre el fichero para lectura/escritura y he ahí el error que me estaba dejando tonto... ahora uso "sqlite3_open_v2" que permite utilizar una flag "SQLITE_OPEN_READONLY" para que no abra el archivo en modo escritura... programa funcionando..
Muchas gracias por vuestra ayuda... he aprendido cosas interesantes sobre los nuevos windows y sus carpetas, la verdad es que en sistemas mono usuario y sin privilegios era más fácil programar

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Un saludo!!
Jorge.