[Ñuño Martínez]

Pues deberías poder con lo siguiente:

• Mueves el archivo con move_uploaded_file a un directorio temporal.
• Lo abres con fopen, lo lees con fread, guardándolo en la base de datos, y lo cierras con fclose (si no ves cómo, aquí hay un par de ejemplos con notas y explicaciones).
• Eliminas el archivo del directorio temporal.

Lo que no sé es cómo lee el archivo, ya que fread usa un "string" para almacenar lo que lee.