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Pues, en realidad... ˇDonde quieras!
Basta con que se lo indiques en las propiedades del proyecto
En mi caso, por lo general tengo una estructura de directorios tal que así:
Proyecto
---------
!
!--- Bin
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|--- Doc
|
|--- Dcu
|
|--- Src
Pero claro, cada uno tiene su forma de distribuir sus proyectos
Un saludo
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