Encontré la solución. No sé si será la mejor, pero funciona.
Código SQL
[-]SELECT A.Codigo, A.Municipio, A.Distrito||A.Seccion||A.Mesa
FROM Mesas A
WHERE A.Distrito||A.Seccion||A.Mesa = (SELECT MIN(Distrito||Seccion||Mesa) FROM Mesas WHERE Municipio = A.Municipio)
y me da una sola mesa por municipio.
