Siempre la ultima que hayas generado, un pequeño apunto respecto al caso planteado por jarogo
En este caso (véase no la has enviado por problemas técnicos) la encadenas con la anterior si aun no la has enviado, pero al volver a enviar a la AEAT tendrás que respetar ese orden para el envío (no podrás mandarlas en orden inverso por ejemplo, sino se te descuadra el encadenamiento), por ejemplo:
genero F1 y envío
genero F2 (encadenada a F1) y no puedo enviar por x problema
genero F3 (encadenada a F2) sigo sin poder
genero F4 (encadenada a F3) sigo sin poder
genero F5 (encadenada a F4) sigo sin poder
me doy cuenta que ya puedo
envío F2, F3, F4, F5 en bloque -> correcto
envío F2, F3, F4, F5 por separado -> correcto aunque no tiene mucho sentido ya que te dará error 2004
envío F5, F4, F3, F2 en bloque -> incorrecto ya que al crear los RF encadené al revés
edit: de todas formas si sigues teniendo dudas echale un ojo a los post de control de flujo que hay varios que lo explican todo genial y con toda la casuística posible.