Me había saltado unos cuentos mensajes....
Ahora revisando el Github que habéis puesto, también he llegado a esta página de la Wiki:
https://github.com/IndySockets/Indy/wiki/Updating-Indy
Que explica cómo hacer la actualización manualmente. Más o menos lo que hemos dicho, pero bien explicado.
Cómo borrar manualmente todos los ficheros antiguos, desinstalar packages, borrar cosas del path,...
Y luego cómo instalar los nuevos.