Según mis leguleyos, cuando haces una factura incorrecta de X importe, haz una rectificativa de ese x importe en negativo indicando en el concepto que es la rectificativa de la Fra: N de fecha

. seguido de los mismos conceptos de la errónea en negativo.
Luego haces una correcta.
En el SIF lo he resuelto buscando la factura a rectificar, y con un solo clic hace la rectificativa automáticamente.
el registro de alta que envío es:
TipoFactura", "R1"
TipoRectificativa", "I"
IDFacturaRectificada|sum1:IDEmisorFactura" xxxx
IDFacturaRectificada|sum1:NumSerieFactura" F25xxxx
IDFacturaRectificada|sum1:FechaExpedicionFactura" fecha
Hasta ahora todas las pruebas realizadas han sigo correctas.
Salu2.