Aunque no lo he probado directamente imprimiendo con una matricial, creo que se puede imprimir y funcionará.
Eso sí, procurar que el QR no sea muy pequeño.
También hay que tener en cuenta que los QR tienen un sistema de correción de errores para cuando falta algún trocito o no se lee bien.
Lo que sí he probado es a leer QR en papeles arrugados, con brillo, rotos, etc. y se han leído, por lo que creo que uno impreso con una matricial debe poder leerse después.
Cuestión de probar antes que perder clientes.
[broma]
Además, ¿quién recibe una factura y se pone a leer el QR? la mayoría de gente piensa que es un adorno moderno

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