Correcto, no hace falta registrarse como entidad desarrolladora en ningún sitio, eso se hace con la "Declaración Responsable".
Pero cuando envías una factura debes añadir un NIF/Razón social válido que tengan registrado (en el sistema informático -y en el resto también-).
No puedes enviar facturas con un NIF inventado, porque si no no sabrían con qué empresa se ha generado el software (y por ende a quién deben multar

), tal vez me expliqué mal.