¡Buenos días!
Leyendo el PDF que ha publicado @Neftali en otro hilo, sobre el PDF que se hizo de una presentación del Verifactu en Alicante, se menciona que la aplicación de facturación de la AEAT (página 11 de 32):
Cita:
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Es un SIF independiente, no impide el uso de otro SIF
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Así que entiendo que sí se podrían usar más de un SIF a la vez.
¡Espero que sirva!