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Si no me equivoco la factura por sustitución sustituye (como su nombre indica) a la factura original. Esto quiere decir que la factura original desaparece siendo reemplazada por la nueva. Lo normal es que esto se haga cuando hay una modificación de una factura y no se quiere hacer una rectificativa por la diferencia.


En el caso que planteas yo haría una factura rectificativa ya sea del total o de parte de la factura original. En este caso haz una factura exactamente igual pero con signo contrario y ya has acabado, teniendo en cuenta que al ser rectificativa debe de ir en otra serie e identificando la factura original.


Saludos.