Yo lo que hice en su momento fue descargarme el proyecto de autofirma lo toque por alguna cosilla ("No me acuerdo ") y a mis clientes les paso el .jar de autofirma personalizado a una carpeta y luego desde mi programa le paso los parámetros y lo firma.
Me ahorraba el tema por si no tenían instalado el autofirma y se lo pasaba yo. Antes la gente no sabia ni que era un certificado.
El proyecto
https://github.com/ctt-gob-es/clienteafirma