Sólo tienes que modificar tu script de Inno Setup en la sección [code] con el siguiente cambio:
Código Delphi
[-][code]
function InitializeSetup(): Boolean;
begin
Result := False;
if MsgBox('Debe cerrar los programas relacionados a la instalación, ¿Desea continuar', mbConfirmation, MB_YESNO) = IDYES then
Result := True;
end;