phpMyAdmin exporta resultados de consultas SQL a formato CSV que puedes abrir en Excel. Podrías revisar el código de phpMyAdmin para ver cómo lo hace.
Tengo la impresión de que phpMyAdmin vuelve a hacer la consulta cuando la exportas y aunque desconozco exactamente cómo lo hace no es difícil crearte una rutina propia. Es cosa de recorrer todo el conjunto resultante y por cada registro formar una cadena con los valores de los campos separándolos por comas y encerrándolos entre comillas.
Es posible también que incluso puedas hacerlo con javascript para no realizar dos veces la consulta. Utilizas los objetos y métodos de DHTML para acceder a las celdas de la tabla (suponiendo que colocas los resultados en un <TABLE>).
Sólo son ideas pero es lo primero que se me ocurriría si tuviera que hacerlo.
// Saludos