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Es totalmente normal que si una consulta tarda 3 segundos 2 consultas iguales hechas a la vez tarden 6 segundos. El microprocesador tiene una velocidad de proceso fija, no puedes hacer que haga los calculos mas rapido.
Las consultas que haces tienen que ser muy "bestias" para que tarden 3 segundos o no estan definidos los indices adecuados para acelerar la consulta. Los indices hay que definirlos de acuerdo con como sean las queries que se hagan. Hay que analizar cada query que vaya lenta y definir los indices de la forma necesaria para que la sentencia los pueda aprovechar: los campos y el orden de ellos dentro del indice tienen que estar exactamente ajustados a la query, sino no valen de nada.
Si posteases la query e indicases cuantos registros por tabla e indices tienes, etc, quizas se pudiese dar una solucion mas concreta.
Saludos
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