Hola,
si vas a Herramientas-->Usuarios y equipos de Active Directory, tienes una serie de contenedores (Users, Computers...). Si haces clic con el botón derecho sobre el nombre del dominio y eliges nuevo-->Unidad Organizativa, te creará un nuevo contenedor. Si vas a las propiedades de esta nueva UO, tienes una pestaña que es Directiva de Grupo. Aquí crea una nueva directiva que se aplicará únicamente a los usuarios/equipos que muevas a esta UO.
No se si esto solucionará tu problema, pero es una buena forma de trabajar con directivas.
Si no lo soluciona, intenta explicar como has creado la directiva y qué parámetro es el que utilizas para evitar que instalen software.
Esta es la
Guia de Estilo
Saludos