Mira en el FAQ de inno setup te dice bien como hacerlo, busca esta liga en el FAQ BDE (Borland Database Engine) bajo la sección How Do I Install...? pero para que no tengas los problemas que yo tube te pongo esto:
Primero debes bajar el MiniReg.exe, el Bdeinst.dll, Bdeinst.rar y AddAlias y ponerlos en el directorio de tu aplicación(Para bajar los archivos has click aqui y buscalos
http://www.jrsoftware.org/iskb.php?a=bde
), luego en el inno setup script el en la sección [File] agregas las lienas abajo mencionadas de código, además de los archivos que tu pongas, o sea, el ejecutable tablas etc etc
luego en [Run] ve el código de abajo.
El AddAlias esta hecho en delphi lo puedes modificar para ponerle el nombre del alias que utilizas para la base de datos.
busca esta linea GAlias: string = 'Alias'; y en ves de 'Alias' Pon el alias que tú utilizas entre ' '
después correlo para crear el ejecutable "recuerda ponerlo en donde tienes las tablas por que guarda la ruta"
para más explicito (si tus tablas y proyecto estan en c:\proyecto ahí debes poner el AddAlias.exe y luego compilarlo para que genere el ejecutable)
[File]
...(archivo ejecutable y otros)
...
Source: "C:\proyecto\AddAlias.exe"; DestDir: "{app}"; Flags: ignoreversion
Source: "MiniReg.exe"; DestDir: "{tmp}"
Source: "BdeInst.dll"; DestDir: "{tmp}"
[Run]
Filename: "{tmp}\MiniReg.exe"; Parameters: """{tmp}\BdeInst.dll"""
Filename: "{app}\AddAlias.exe"; Description: "{cm:LaunchProgram,AddAlias}"; Flags: runhidden
...(y aquií tu programa si quieres que se ejecute después de la instalación)
Recuerda que en el orden que acomodes los programas de esa manera se ejecutaran
Saludos