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Normalmente la segunda opción es mejor; De todas formas decir, que en éste caso el resultado será el mismo, pero con la segunda tines las variantes de poder utilizar LEFT JOIN o RIGHT JOIN, además de la INNER.
Finalmente y dependiendo de SGBD que estés utilizando en muchos casos puede ser que el "planning" final de la consulta sea el mismo para ambas consultas, por lo tanto no es cierto que la segunda sea "siempre" más pesada que la primera, pero en consultas complejas, cuando el optimizador empiece a funcionar, la primera forma me da la impresión (por lo general) tendrá un "planning" menos eficiente (o más pesado) como tú comentas que la segunda.
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