Hola
Hace algun tiempo hice yo algo parecido y si no recuerdo mal tienes que poner al principio del script la ruta del interprete, tienes que tener en cuenta que cuando lo haces por web el servidor se encarga de mandarlo al interprete de PHP pero en el caso de un script no es asi.
Código:
#!/usr/bin/php -q
Y creo que habia que instalar algun paquete .... PHP_CLI o algo por el estilo.
Otra cosa son los premisos, tienes que darle permisos para que se pueda ejecutar.
Haciendo una búsqueda rapida en google he encontrado lo siguiente:
http://www.htmlcenter.com/tutorials/...s.cfm/155/PHP/
http://www.modwest.com/help/kb5-125.html
http://www.desarrolloweb.com/articul...4.php?manual=6